“闇之书事情”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友谊牵绊、为了追求各自的梦想完成而参与时空管理局，并以一流魔导师的身分生动 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目的而出现的谜样机械兵器“共鸣拓发者”（ガジェットドローン）。为了迅速对应日后被称为“圣遗晶石事情”的状况，八神疾风思索到设置可以迅速对应的独立部队的必要性，设立了专责处置与太古遗产关连义务的特殊部队——“机动六课”。 另一边，时间回溯到四年前。昴·中岛在遭到机场火灾卷入而简直丧命之际，由于奈叶的出现而得救。由于神往著似乎“自己理想中的笼统”普通的奈叶，昴在当晚的满天星空之下，做出了“成为管理局的魔导师”的决议。 四年后，经过一番迂回而顺利成为管理局的新进魔导师的昴，与训练校时代的同伴蒂雅娜·兰斯特共同应战魔导师的升格实验。于远处注视著两人考试的，区分是认定两人将成为“机动六课”的明日之星而投以留意的疾风与菲特、还有奈叶。在三人的注视之中，随着宣告实验末尾的ReinForce II（统御之力zwei）的声响，拉开了“StrikerS”故事的序幕。
