2002年冬天，横浜大桥突然被战役机炸毁，媒体虽然报导此为自卫队战机所为，但实际上这架战机却并不存在民众普遍对自卫队发作了不信任感特车二课第二小队的后藤（大林隆介 配音）队长觉察此事与在99年的那场事情中失踪的自卫队队员柘植有关——1999年，日本陆上自卫队的机器人 小队在一次结合国维和举动中遭到全歼。而柘植是特车二课第一小队队长南云（榊原良子 配音）原来的恋人。民众的不信任感抵达了高峰，处于戒严外形的东京面临着大骚乱，人们被行将迸发战争的危机掩盖着。在自卫队王牌队员荒川的协助下，后藤（大林隆介 配音）和南云清查到了柘植的下落。后藤召集起泉（富永美伊奈 配音）、篠原（古川登志夫 配音）等特车二课原来的成员们，启动PATLABOR机器人进攻柘植的依据地…… 本片是押井守导演推出了《机动警察PATLABOR》的第二部剧场版。
