2009年，当麻纱绫（户田惠梨香 饰）和濑文焚流（加濑亮 饰）相识的前一年在美国FBI学成归来的当麻被分在警视厅公安部公安第五课未详事情特别对策系，接受组长野野村光太郎的直接指点此前不久，某大型石油企业高管接连被人杀害，死者的心脏无一例外都留下被人用手捏过的痕迹。显而易见，这一系列事情和所谓的SPEC持有者有着极为亲密的联络。与此同时，石油企业高管Diablo（大杉涟 饰）高薪延聘微妙SPEC持有者一十一（神木隆之介 饰），希图阻遏微妙的SPEC杀手。一十一，这个日后与当麻和濑文有着不解渊源的难缠敌手将当麻视作杀害父母的爆弹女，之后更斩杀了当麻在美国结识的好友Nancy。 SPEC庞大篇章自此拉开序幕，决议世界命运的严重事情也进入了倒计时……
