正享用耐久假期的公安九课少校草薙素子（坂本真绫 配音）突然接到巴特（松田健一郎 配音）的报告，西之内某处大厦遭受恐惧分子袭击，政府高官和商业巨擎被人杀害在草薙的指挥下，九课的石川、波玛、帕兹、巴特等人通力协作，将恐惧分子彻底制服，但草薙外举动中不测遭到微妙病毒感染在西之内恐惧袭击的同时，近郊的水坝发作爆炸案。新滨县刑警陀古萨（新垣樽助 配音）传唤水坝管理企业担任人沙特博士，对方是来自饱经烽烟的卡森共和国的卡尔迪斯人。受警方高层施压，陀古萨没有失掉任何有用信息。另一方面，草薙一方得知恐惧分子的真实身份，正是卡尔迪斯的游击队组织。两起案件不测联络在一同，其面前隐藏怎样的真相？本片依据士郎正宗的原作改编，为攻壳机动队前传“ARISE”的第三部。
