《仁医2》完毕篇延续前篇剧情，历史照旧向着既定方向有条不紊的前行，更多耳熟能详的历史角色悉数退场南方仁（大泽隆夫 饰）以大夫的身份在江户时代生活了上去，所开设的医馆仁友堂亦步入正轨。一天他得知橘咲（绫濑遥 饰）的母亲患了事先普遍的脚气病，由此决意制造并普及可治愈该病的点心。与此同时，坂本龙马（内野圣阳 饰）出如今仁面前央求协助。仁随龙马离开京都救治胜海舟的师父佐久间象山，竟从清醒的后者口中得知了惊人的往事……禁门之变后京都满目疮痍，原本留下救人的仁被新撰组带至萨摩藩救治西乡隆盛。尔后，坂本龙马牵线西乡隆盛与长州藩，促进萨长同盟。亲历着幕末日本形势的陡然剧变，仁对自己之于这个时代意义有了崭新的看法。在不远的未来，他将重新邂逅寻觅重生活的野风（中谷美纪 饰），前篇中围绕在他们周身的谜团亦将逐一失掉解答。
