正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，招致遗传因子规范的蜕变，变成了残酷的怪兽THE ONE之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研讨机关）的监视下逃走，从此就没了音训。 另一方面，航空自卫队F15J飞行员真木舜一（别所哲也），为了多点时间陪伴患有后天分疾病的儿子继梦决议辞去官职。在最后一次飞行中真木与“白色发光体”在空中相遇。这是the one事情后3个月发作的事情。但是真木奇观般地生还，然后转职成为了民航机飞行员，展开了重生活。对这样的真木还是无机关十分关注，尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗，BCST将真木强迫带走，在废工厂中搭建的BCST研讨室停止身体上的监视。此时行迹不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木，身体发作了变化，在白色光球的力气之下变身了！变成身高10M拥有银色光芒的钢铁身体型态，偶而还有自己意志的真木，跟THE ONE展开作战，但是由于变身不完全，能量快速消耗，在遭到决议性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将这个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研讨室的途中得知了儿子继梦出院的音讯,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。此时,人类最大的危机出现了,在吸收了各式各样的生物进入体内而发生变异的"THE ONE"重返出如今新宿的街道上,从口中收回的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格曾经被"THE ONE"取代,曾经成为不能变回为人的形状。不过那样的有恸以前与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回想，并且为了跟儿子继梦的商定，为了维护心爱的家族，真木再次变身。那个姿态愈加退化成庞大化40m，在直接部有像流血般的白色，两肘的特征是出现肘刀。如今，以新宿副市中心为舞台，ULTRAMAN与"THE ONE"的决战之火末尾熄灭了！
