炼金术,一种树立在等价交流准绳基础上的迷信,将物质停止了解、分解、再结构,将一种物品变成另外一种但是,这样先进的技术却不能停止人体炼成,这是炼金术相对的忌讳。可是,拥有极高炼金术天赋的爱德华(朴璐美 配音)和阿尔冯斯(钉宫理恵 配音)兄弟,由于对母亲极大的思念不惜冒犯忌讳。而最终的代价却是,爱德华失掉了一条手臂和一条腿,弟弟阿尔冯斯只能将灵魂依靠在一副庞大的装甲之内。终于明白一切的兄弟俩,为了恢恢复状,寻求更多的炼金术知识,成为国度炼金术师踏上了寻觅终极炼金物品——贤者之石的旅程。在不时的探求中,两兄弟终于发现了贤者之石面前的真相,对身处的这个军事化国度也有了更深化的了解。此时,面对国度、民族、家庭……炼金术的未来终究在何处。