第二季的故事紧接着第一季，在Finch（迈克尔·爱默生MichaelEmerson饰）被奥秘的Root小姐绑架以后，“西装男”JohnReese（詹姆斯·卡维泽JamesCaviezel饰）只得求助于他在纽约警局凶杀科的侦探冤家们Carter（塔拉吉·P·汉森TarajiP.Henson饰）以及Fusco（凯文·查普曼KevinChapman饰）的协助，经过缜密调查，终于将Finch救出，却被Root逃脱看似恢复如初的生活，其实隐藏危机。除了，一心想要把Finch的顺序地下化的Root以外，他们还要找出HR真正的幕后黑手。另一方面，联邦调查局和中央情报局都在不遗余力地想要找出John。只需机器存在一天，这个城市似乎历来不让他们休息......
