在邪神加坦杰厄和迪迦奥特曼的决战终了后,人类世界迎来了长达两年的战争岁月。这一日,入间队长随同GUTS考古队分开位于南太平洋的远古遗址露露耶,他们再次发现了业已消灭的超现代城市以及三尊邪神的石像希特拉(婆裟羅天明 饰)、达拉姆(松田優 饰)及女首领卡美拉(芳本美代子 饰)。入间竭力支持对古迹的震动,但丝毫无法改动下层的决议,最终招致三尊邪神复生,人类再度面临危机。与此同时,圆·大古(长野博 饰)与柳濑·蕾娜(吉本多香美 饰)相知相守,行将步入婚礼的殿堂。可是邪神指挥其爪牙向人类世界发起进攻,早已丧失奥特曼力气的大古,面对以后的危机一筹莫展。