午夜12点，在繁华都市的一个小角落，一家食堂才刚刚末尾营业这家深夜食堂的老板(小林薰 饰)虽然脸上带着伤疤，却是一个温情且厨艺精深的男人虽然小店里的菜谱很复杂，但是只需是主人想吃的都可以点，所以小店备受底层小市民的喜欢。延续第一季的作风，深夜食堂里每晚都演出一个耐人寻味的故事，每个故事的主角都有自己溺爱的一款美食。特别值得一提，第一季曾出现的白色香肠再度退场，其中埋藏多年的往事随之揭晓，曾经的故人再度聚首，又展开了一个崭新的温情故事…… 《深夜食堂》在2006年末尾连载，由于作品气氛浓郁、作风特殊，二度改编日剧播映，由小林薰担任男主角。隔年取得“第55回小学馆漫画赏”及“第39回漫画家协会大赏”。
